Википедия:Кандидаты в избранные статьи/Цикл трикарбоновых кислот

Кандидат в избранные статьи

Правила обсуждения На этой странице обсуждается кандидат в избранные статьи русской Википедии. В ходе обсуждения может быть принято решение о её номинации в хорошие. Вниманию обсуждающих От принимающих участие в обсуждении ожидается ответственность в своём выборе: перед голосованием прочитайте статью полностью. При обсуждении, пожалуйста, придерживайтесь следующих принципов: Не пишите, что статья или тема статьи не интересна вам или кому-то ещё — с этим ничего не поделаешь: у людей могут быть разные предпочтения. Неаргументированные голоса «против» являются неконструктивными и будут проигнорированы; Не пишите, что статья написана хорошо, но из-за темы ей не место на заглавной странице: важна не тема, а качество статьи; Обязательно подписывайтесь; Если вы хотите отозвать свои замечания (например, потому что недочёты были исправлены), зачеркните их (<s></s>), но не удаляйте; Если вы сделали замечание по поводу кандидата, посматривайте на его подстраницу, чтобы вовремя зачеркнуть своё замечание, когда недочёт будет устранён; Соблюдайте спокойствие и доброжелательное отношение к авторам статьи и участникам её обсуждения. Зачастую автор сильно привязан к своему творению, и излишне резкие и/или необоснованные замечания могут его задеть. Критика приветствуется, но будьте конструктивны и корректны. Вниманию номинаторов статей Для номинации статьи в Избранные добавьте в её конец (перед категориями) строку {{subst:КИС}}; Будьте внимательны к критике, прислушивайтесь к аргументам и старайтесь доработать статью в процессе обсуждения; Несмотря на стресс, постарайтесь избегать нападок на обсуждающих: за многократное нарушение ВП:ЭП в обсуждении оно может быть закрыто, а статья отправлена на доработку; Если статья уже являлась кандидатом, но была отправлена на доработку по любой причине, нужно предоставить ссылку на предыдущее обсуждение. Процедура обсуждения Если вы считаете, что статья достойна статуса избранной, нажмите надпись править справа от заголовка «За», проставьте под заголовком (или под оценкой предыдущего участника) нумерованный шаблон {{За}}, поясните причины вашего решения, подпишитесь при помощи четырёх тильд и сохраните страницу. # {{За}}. Отличная статья. Тема раскрыта полностью. ~~~~   → 1. За. Отличная статья. Тема раскрыта полностью. Пьер Безухов 23:59, 31 декабря 2011 (UTC) Если вы считаете, что статья не достойна статуса избранной, нажмите надпись править справа от заголовка «Комментарии», укажите конкретные недочёты статьи, подпишитесь при помощи четырёх тильд и сохраните страницу. #. Тема раскрыта не полностью, не рассказано о роли шушпанчиков в современном искусстве. Статья нуждается в доработке. ~~~~   → 1. Тема раскрыта не полностью, не рассказано о роли шушпанчиков в современном искусстве. Статья нуждается в доработке. Наташа Ростова 23:59, 31 декабря 2011 (UTC) Если вы хотите прокомментировать статью или ход её обсуждения, нажмите надпись править справа от заголовка «Комментарии», проставьте под заголовком (или под комментарием предыдущего участника) нумерованный шаблон {{Комментарий}}, введите текст вашего комментария, подпишитесь при помощи четырёх тильд и сохраните страницу. # {{Комментарий}} Хочу заметить, что... ~~~~   → 1. Комментарий: Хочу заметить, что... Поручик Ржевский 23:59, 31 декабря 2011 (UTC)

Здесь находятся завершившиеся обсуждения. Просьба не вносить изменений.

Цикл трикарбоновых кислот

Статья о важнейшем метаболическом пути, «сердце» метаболизма. Написана мной. Перед номинированием было пройдено рецензирование, выявленные в ходе него недостатки устранены. За русификацию изображений огромная благодарность участнику Kaidor. С уважением, --Eruvanda (обс) 15:26, 3 сентября 2014 (UTC)

Поддерживаю

За Статья отлично написана. Некоторых подробностей нет даже в некоторых учебниках биохимии.--Эрг 20:52, 30 января 2015 (UTC)

Возражаю

Комментарии

• Желательно расширить раздел «Клиническое значение», добавив сведения о роли в болезнях и диагностике. --Синкретик/связь/вклад 08:53, 4 сентября 2014 (UTC)
• Сделано, добавила дополнительно о болезнях всё, что смогла найти, а вот про роль цикла в диагностике мне не удалось ничего найти. Может, кто-то сможет помочь? --Eruvanda (обс) 17:58, 5 сентября 2014 (UTC)
  • Не знаю как насчет диагностики, а в лечении льют разные компоненты, надеясь на их пользу --BoBink (обс) 21:41, 6 сентября 2014 (UTC)
• Обычно историю исследования приводят в начале, а не в конце. Чем вызвано желание убрать историю в конец? --ptQa 16:32, 13 октября 2014 (UTC)
  • Поддерживаю историю в конце, она играет далеко не основную роль в содержании статьи. starless 16:29, 19 октября 2014 (UTC)
• В 1948 году Александр Огстон установил прохиральность цитрата (склонность к асимметричным реакциям в отсутствие хирального центра), объяснив тем самым результаты экспериментов и подтвердив, что именно цитрат образуется в первой стадии цикла[36]. В данном предложении слово прохиральность используется в необычном смысле. Более того склонности к асимметрическим реакциям в отсутствие хирального центра не существует в природе как таковой. Если в соединении нет хирального центра (а в прохиральных их действительно обычно нет), то они сами по себе не склонны к асимметрическим реакциям. Не уверен, что я ясно выражаюсь... — Maksim Fomich 11:58, 30 ноября 2014 (UTC)

starless

Ещё работать и работать над статьёй:

• «Наглядная биохимия» в качестве источника — не самый лучший выбор, желательно всё-таки что-то поакадемичнее. starless 16:29, 19 октября 2014 (UTC)
  • Если Вы смотрели сноски, то должны были заметить, что основная масса текста написана по самому что ни на есть академичному (академичней некуда) учебнику Нельсона и Кокса — современной версии легендарного учебника Ленинджера. Из «Наглядной биохимии» взято буквально несколько фактов. Да и она — вполне себе АИ. --Eruvanda 18:51, 25 октября 2014 (UTC)
    • Писать по одному источнику плохо, даже если это Ленинджер. К тому же академичность и учебность несовместимы. starless 20:45, 25 октября 2014 (UTC)
      • Замечательно совместимы. Посмотрите ХС и ИС по молекулярной биологии. --Sirozha.ru 11:20, 30 октября 2014 (UTC)
        • К ним такие же списки замечаний придётся написать, видимо? starless 12:10, 30 октября 2014 (UTC)
          • К большинству из ваших замечаний следует относиться в первую очереь в ключе ВП:НДА. К большому сожалению, большая часть изложенных вами замечаний ничтожны, так как ваши представления о том, как надо писать статьи в ВП расходится 1) с имеющимся консенсусом, 2) мнением преобладающего большинства компетентных участников, 3) правилами ВП --Sirozha.ru 04:52, 31 октября 2014 (UTC)
            • Большинство моих замечаний вполне тривиальны и соответствуют консенсусу современной науки. Ссылок на консенсус, мнение «преобладающего большинства компетентных участников» и правила, противоречащие моим утверждениям, вы не предоставляете. Зато статьи пишете сугубо дилетантские. starless 10:22, 31 октября 2014 (UTC)
• Вырвиглазная картинка в преамбуле: структуры молекул лучше изобразить традиционным образом, названия ферментов написаны не по-русски (д. б. изоцитратдегидрогеназа и т. д.), огромная легенда, оттягивающая на себя взгляд. starless 16:29, 19 октября 2014 (UTC)
  • Картинка в преамбуле должна отражать только самые общие моменты. Иллюстрации с детальным указанием формул и механизмов реакций приводятся далее в статье. Поэтому, я считаю, эта картинка стоит на своём месте. --Eruvanda 18:51, 25 октября 2014 (UTC)
    • Я говорю совершенно о другом. Картинка уродлива и переполнена ненужными украшательствами. Стоит-то она на своём месте, только это должна быть нормальная картинка, а не не пойми что. starless 19:59, 25 октября 2014 (UTC)
• В тексте малые молекулы обозначаются английскими сокращениями, на картинке — русскими. Лучше привести к единому стилю с русскими сокращениями. Ацетил-кофермент А желательно хотя бы раз назвать полностью. starless 16:29, 19 октября 2014 (UTC)
  • Эти несоответствия касаются только картинки в преамбуле, которая рассчитана на самого неосведомлённого читателя. Поэтому русские сокращения на картинке не являются криминалом. С ацетил-СоА — Сделано. --Eruvanda 19:09, 25 октября 2014 (UTC)
    • Вероятно, я неясно выразился. Следует во всём тексте использовать общепринятые русские сокращения. starless 19:59, 25 октября 2014 (UTC)
      • Это очень спорный вопрос, стоит ли писать АТФ вместо АТР. --Sirozha.ru 11:20, 30 октября 2014 (UTC)
        • Это совершенно бесспорный вопрос. В русской литературе принято использовать общеизвестные русские сокращения там, где они есть. А то вы начнёте ещё утверждать, что надо писать NMR вместо ЯМР. Спасибо, не надо. starless 12:10, 30 октября 2014 (UTC)
• Упоминания углекислого газа по тексту некорректны, надо писать о диоксиде углерода (поправил). starless 16:29, 19 октября 2014 (UTC)
• В общем обзоре непонятен смысл постоянного упоминания числа атомов углерода в молекулах. «Пятиуглеродные соединения» — плохо, лучше «молекулы с пятью атомами углерода», например. starless 16:29, 19 октября 2014 (UTC)

• Подобные прилагательные используются в биохим. литературе. И это хорошо, ИМХО. Для краткости. --Shell 13:04, 21 октября 2014 (UTC)

• Статья, претендующая на избранность, не может быть написана с использованием жаргона. starless 18:34, 21 октября 2014 (UTC)

• Это не жаргон, это нормальная биохимическая лексика. В русском издании Нельсона и Кокса вполне употребляются подобные обороты. --Eruvanda 19:09, 25 октября 2014 (UTC)

• Это биохимический жаргон. Давно известно, что биохимики почему-то выдают этот жаргон за терминологию. Тем не менее, есть общепринятая химическая терминология, которая и должна использоваться в обзорной статье, рассчитанной на неподготовленного читателя. starless 19:59, 25 октября 2014 (UTC)

• Это не жаргон, а общепризнанные в научной литературе термины --Sirozha.ru 11:20, 30 октября 2014 (UTC)

• Не говорят по-русски «пятиуглеродный». Нет такого термина. И есть ещё гораздо более важный вопрос, на который ответа так и не поступило — чего ради число атомов углерода в молекулах вообще упоминается? Это нигде не объяснено. starless 12:10, 30 октября 2014 (UTC)

• Стилистически плохо писать везде «цитрат», «оксалоацетат» и др., по номенклатуре положено «цитрат-ион». Кстати, там и вправду полностью диссоциированный ион и щелочная среда? starless 16:29, 19 октября 2014 (UTC)

• Так принято в биохимии: цитрат, оксалоацетат и т. д. --Shell 23:38, 20 октября 2014 (UTC)

• Статья, претендующая на избранность, не может быть написана с использованием жаргона. starless 18:34, 21 октября 2014 (UTC)

• Как посоветовали бы относиться к такому факту, что J. Am. Chem. Soc., Biochemistry, J Biol Chem, Nature и др. публикуют статьи, в которых даже заголовок на таком вот «жаргоне»? --Shell 18:38, 22 октября 2014 (UTC)

• Я бы посоветовал учесть, что они публикуют статьи не на русском языке. starless 06:43, 23 октября 2014 (UTC)

• Есть ещё IUBMB, MetaCyc, KEGG… Но ладно, не на русском — значит не на русском. ;) Как относимся к журналу Биохимия? (его упоминание уже неоднократно всплывало на страницах обсуждений, как образец, на который можно/нужно ориентироваться в вопросах биохимической терминологии) --Shell 13:10, 23 октября 2014 (UTC)

• Так же, как и ко всем остальным русским журналам. На них ориентироваться в вопросах терминологии не стоит, поскольку биохимики по какой-то непонятной причине не владеют химической терминологией, изобретая уродливые жаргонизмы. Это было бы нормально в лаборатории, но не в печатной литературе и уж тем более не в избранной статье. Поскольку журнальные статьи при печати не редактируются, стиль в них остаётся тем же, что у авторов, которые, конечно, не могут служить законодателями стиля. Есть общепринятая химическая номенклатура, которую необходимо соблюдать в энциклопедии всегда. starless 08:45, 27 октября 2014 (UTC)

• Лол. Значит, сначала, это, мы исключили из рассмотрения всю англоязычную литературу (тот самый «законодатель стиля», NC-IUBMB, IUPAC-IUBMB Joint Commission on Biochemical Nomenclature (JCBN), как я понимаю, — тоже?). Теперь пришли к тому, что, оказывается, и ни на один русскоязычный источник тоже полагаться нельзя?! Есть такое понятие «Biochemical Nomenclature». Да-да, у биохимиков есть своя номенклатура, свой набор рекомендаций, если что. И такие вот «уродливые жаргонизмы» являются официально рекомендуемыми названиями, если что. А статья-то у нас на биохимическую тематику, если что. --Shell 14:19, 27 октября 2014 (UTC)

• Вот сначала приведите конкретные ссылки, где переопределяется общепринятая химическая номенклатура (на русском желательно), а потом поговорим. starless 14:35, 27 октября 2014 (UTC)

• Лично Вам что-либо дальше доказывать интереса не имею. --Shell 14:59, 27 октября 2014 (UTC)

• В русском издании Нельсона/Кокса, Наглядной биохимии и вообще любом учебнике биохимии или статье на любом языке такие сокращения всегда используются. --Eruvanda 19:09, 25 октября 2014 (UTC)

• Это не сокращения. Это жаргонизмы, которые используются вместо нормальных названий. starless 19:59, 25 октября 2014 (UTC)

• Это даже не ваше мнение, а ВП:ОРИСС, что недопустимо --Sirozha.ru 11:20, 30 октября 2014 (UTC)

• Не могли бы вы привести ссылку на номенклатурный кодекс, в котором закреплено употребление проповедуемых вами выражений? starless 12:10, 30 октября 2014 (UTC)

• Мне кажется, такое написание допустимо. Если в растворе действительно плавают оксалоацетат-ион и цитрат-ион, то почему бы их не называть оксалоацетат и цитрат? Химики, кстати, тоже говорят "гидрид" и "фторид". В конце концов, "цитрат-ион", если задуматься, это такой же жаргон, как и "цитрат". Да ещё и глупая калька с английского citrate ion. — Maksim Fomich 23:00, 29 октября 2014 (UTC)

• Проблема в том, что "цитрат-ион", может, и англицизм, но зафиксированный в учебниках при описании номенклатуры (точно так же наши химики говоряд "гидрид" и "фторид" только глубоко в контексте, а пишут исключительно с добавлением "-иона"). Но гораздо более важная проблема в том, что из статьи совершенно непонятно, что там плавает в клетке в реальности. И я совсем не уверен, что там трижды заряженные ионы. А называть лимонку цитратом как-то несообразно. starless 07:26, 30 октября 2014 (UTC)

• А разве бывает цитрат не в форме иона? Молекулы солей состоят ведь именно из ионов. --Sirozha.ru 11:20, 30 октября 2014 (UTC)

• После утверждения о «молекулах солей», конечно, можно полностью игнорировать ваши утверждения, но я всё же объясню адекватным людям, что в этой статье ни разу вообще не сказано, при каком рН проходят реакции цикла. Следовательно, мы не можем знать из статьи, действительно ли там цитрат, гидроцитрат, дигидроцитрат или лимонка. Там рассматриваются ионизированные формы кислот, эти формы имеют собственные названия, в которые входит слово «-ион». starless 12:10, 30 октября 2014 (UTC)

• Плюс скидка на то, что в действительности, нет чётких номенклатурных правил для русского языка: всё так или иначе изобретено русскоговорящими биологами по мотивам англоязычных инструкций. А коль уж они изобрели "цитрат" и "оксалоацетат" (а они действительно их изобрели), то им и страдать с этим. — Maksim Fomich 23:00, 29 октября 2014 (UTC)

• ВИНИТИ публиковал официальные переводы номенклатуры ИЮПАК. Мне кажется, что из-за незнания химии биологами не должны страдать остальные. starless 07:26, 30 октября 2014 (UTC)

• В продолжение предыдущего замечания: во всём цикле идут реакции с переносом протона, при этом нигде не указан рН. Неужели в источниках не рассматривается этот критически важный вопрос? starless 16:29, 19 октября 2014 (UTC)
• «Оксалоацетат не покидает цикл…» — всё предложение очень корявое, особенно утверждение про связывание одной молекулой бесконечного числа групп. starless 16:29, 19 октября 2014 (UTC)
• Вместо «см. ниже» лучше дать гиперссылку на нужный раздел. starless 16:29, 19 октября 2014 (UTC)

• {{Переход}} может здесь помочь. — Maksim Fomich 23:00, 29 октября 2014 (UTC)

• Схемы реакций необходимо перерисовать в едином стиле. Наиболее прилично сейчас выглядит вторая схема в разделе «стадия 1», можно ориентироваться на этот стиль. starless 16:29, 19 октября 2014 (UTC)

• Я думаю, побудить участников взяться за перерисовывание картинок так просто не получится. Для этого нужны очень веские аргументы. Почему Вы считаете, что та схема выглядит наиболее прилично? По моему мнению, например, она выглядит «рыхлой» в плане оформления и излишне конкретизированной в плане содержания (у изофункциональных ферментов из различных источников структура активных центров и даже механизм катализа может сильно различаться). --Shell 13:04, 21 октября 2014 (UTC)

• Потому что она больше других похожа на схему химической реакции, более-менее адекватно скомпонована и нормально отрисована. Общепринятые стандарты оформления текстов требуют единообразия в стиле изображения схем реакций. starless 18:34, 21 октября 2014 (UTC)

• Покажите, пожалуйста, требование этого. Вообще-то единообразие картинок и текста для ИС всегда было желательным, но не обязательном. Обязательно, чтобы картинки были нормального качества и на русском. --Eruvanda 19:09, 25 октября 2014 (UTC)

• Ну посмотрите требования к оформлению статей в любом журнале. Называть имеющиеся картинки "картинками нормального качества" -- сильнейшее преувеличение. В мало-мальски приличный журнал с такими картинками не взяли бы. starless 19:59, 25 октября 2014 (UTC)

• Структуры ферментов следует изобразить так, чтобы из них можно было сделать вывод о механизме катализа (в частности, крупно показать активный центр). Является ли гомодимерность цитратсинтазы артефактом кристаллизации или она действительно проявляет свою активность в гомодимерной форме? На структуру цитратсинтазы нет ссылок. starless 16:29, 19 октября 2014 (UTC)

• Ленточные диаграммы, конечно, симпатичны, но на мой взгляд, в обзорной статье нужно вообще минимизировать информацию о ферментах и выносить подробности в соответствующие отдельные статьи о ферментах. --Shell 13:04, 21 октября 2014 (UTC)

• Информация о ферментах совершенно необходима -- если, конечно, делать эту информацию в виде нормальных иллюстраций, а не малоосмысленного впихивания рендеров кристаллических структур с непонятного ракурса. starless 18:34, 21 октября 2014 (UTC)

• На Викискладе подобных иллюстраций нет. По моему мнению, статья и сейчас снабжена иллюстрациями в том объёме, который необходим для понимания текста статьи. --Eruvanda 19:09, 25 октября 2014 (UTC)

• Структуры ферментов находятся в свободном доступе в PDB, программы для их визуализации тоже свободно доступны. Когда для одного фермента приводится структура (причём такая, что ничего не видно), а для других нет -- это вызывает недоумение. Прошу также уточнить, как именно пониманию текста статьи способствуют обрывочные структуры ферментов с непонятных ракурсов. starless 19:59, 25 октября 2014 (UTC)

• Не «цитратсинтазная реакция», а «реакция, катализируемая цитратсинтазой». И в других подобных случаях нужно сделать подобные исправления. starless 16:55, 19 октября 2014 (UTC)

• Такие словосочетания не автором статьи выдуманы. --Shell 23:38, 20 октября 2014 (UTC)

• Статья, претендующая на избранность, не может быть написана с использованием жаргона. starless 18:34, 21 октября 2014 (UTC)

• Аналогично предыдущим замечаниям о «жаргоне». Прошу Вас, перестаньте называть принятую биохимическую лексику жаргоном. Я ничем не могу Вам помочь, если Вы не встречались с подобной лексикой в других источниках. Спасибо. --Eruvanda 19:09, 25 октября 2014 (UTC)

• Имеет смысл нумеровать интермедиаты на схемах и ссылаться на них по номерам, как это принято. А то искать «енольное соединение» очень муторно. starless 16:55, 19 октября 2014 (UTC)
  • Если читатель не знает, что такое «енол», то ничто не помешает ему щёлкнуть на вики-ссылку. --Eruvanda 19:09, 25 октября 2014 (UTC)
    • Вики-ссылка приведёт его на конкретную структуру на конкретной схеме? starless 19:59, 25 октября 2014 (UTC)
  • А есть способ проставлять номера не на картинке? Годы пройдут, картинки переставятся, нумерация нарушится... — Maksim Fomich 23:00, 29 октября 2014 (UTC)
    • Если картинка в SVG, а номера не в кривых, а текстовые, вероятно, достаточно заменить один-два символа в коде SVG-файла. starless 07:26, 30 октября 2014 (UTC)
• «…перестраивается и атакует…» уместно в статье о военной битве, а не о химической реакции. К тому же «перестраивается» — некорректно. starless 16:55, 19 октября 2014 (UTC)
  • Атака — вполне себе химическое слово (см. например реакции нуклеофильного замещения). Снова сошлюсь на Нельсона/Кокса, по которому написана статья. --Eruvanda 19:09, 25 октября 2014 (UTC)
    • А я и не спорю со словом "атака", вот только всё предложение в целом -- совершенно не химическое. Надо не ссылаться, а писать на нормальном русском языке. У вас очень много фраз, в которых все слова вроде русские, а понять ничего нельзя. Очень плохой стиль. starless 19:59, 25 октября 2014 (UTC)
• Маленькие таблички в каждой стадии не очень уместны, лучше свести всю энергетику в одну таблицу и посвятить ей отдельный раздел. starless 16:55, 19 октября 2014 (UTC)
  • Это дело вкуса. --Eruvanda 19:09, 25 октября 2014 (UTC)
    • Это не дело вкуса, а снова примитивнейшие правила представления данных. Впрочем, эти данные не несут никакого смысла для понимания статьи, поскольку не обсуждаются в ней. starless 19:59, 25 октября 2014 (UTC)
  • Тут я соглашусь с starless. Лучше одна небольшая таблица, чем десять маленьких --Sirozha.ru 11:20, 30 октября 2014 (UTC)
  • Сделано. Названия ферментов дублировали текст, поэтому я их просто удалил, а энергии Гиббса собрал в отдельную табличку в разделе Энергетика. Осталось дописать туда пару предложений текста и поставить ссылку на источник. Внимание, вопрос знатокам: должна ли сумма ΔG'° от всех стадий равняться нулю? — Maksim Fomich 21:10, 27 ноября 2014 (UTC)
    • Не то, чтобы я под большого знатока косил, но уверенно скажу, что нет, не должна. Но, по-идее, ΔG просуммировано должно быть. И эта сумма, если она меньше нуля, может быть не совсем корректным, но кратчайшим объяснением почему этот цикл вертится. --Shell 13:13, 30 ноября 2014 (UTC)
      • Принимается. Просто мне казалось, что раз это движение по кругу, то в сумме должен быть ноль. Сейчас я вижу, что (не)много затупил: с точки зрения ключевых игроков цикла всё действительно движется по кругу, но ведь всякая мелочь типа CO₂, ацетатов и электронов постоянно потребляется и производится. Так что уже нельзя сказать, что мы закончили цикл с тем же, чем и начали. Значит, не ноль. — Maksim Fomich 13:24, 30 ноября 2014 (UTC)
• Так аконитаза или аконитатгидратаза? starless 16:55, 19 октября 2014 (UTC)
• Почему вдруг упоминается равновесная смесь при pH 7,4 и комнатной температуре? Нас же вроде интересует рН и температура в клетке. starless 16:55, 19 октября 2014 (UTC)

• Живая клетка — неравновесная система. Об истинном химическом равновесии в живой клетке говорить некорректно. Вот и приводятся характеристики для «неживой» равновесной смеси при определённых условиях («усреднённо-внутриклеточных», не все в природе клетки живут при 37 °C). --Shell 13:04, 21 октября 2014 (UTC)

• В остальных местах статьи про равновесие не говорится. Непонятно, почему оно упоминается именно здесь. starless 18:34, 21 октября 2014 (UTC)

• Структура аконитазы доступна, но почему-то не обсуждается. starless 16:55, 19 октября 2014 (UTC)
• Не думаю, что ссылка на номенклатуру ферментов адекватна утверждению, что в активном центре находится ион магния или марганца. Так какой именно? Или всё равно? Они достаточно разные всё-таки. starless 16:55, 19 октября 2014 (UTC)
• «Реакции 3 и 4 на схеме выше» — плохо, на схеме выше нет нумерованных реакций. Имеет смысл не ссылаться «выше-ниже», а сделать сквозную нумерацию реакций во всей статье. starless 16:55, 19 октября 2014 (UTC)
• Структура изоцитратдегидрогеназы доступна, но почему-то не обсуждается. starless 16:55, 19 октября 2014 (UTC)
• В стадии 4 из ниоткуда возникло обсуждение пирувата. Имеет смысл переформулировать абзац. starless 16:55, 19 октября 2014 (UTC)
• «Из названий фермента следует…» — плохо. Мало ли что следует из названий, иногда из них следует совсем не то, что следует. starless 16:55, 19 октября 2014 (UTC)
• Лучше не писать про «M_r = 32 000», а указывать массу в кДа. starless 16:55, 19 октября 2014 (UTC)
• Вероятно, имеет смысл обозначать номера остатков не верхними индексами, а обычным шрифтом или нижними индексами — верхние индексы у нас зарезервированы для сносок. starless 17:22, 19 октября 2014 (UTC)

• Эти номера вообще некорректно указывать, не конкретизировав о каком изоферменте из какого источника идёт речь. --Shell 13:04, 21 октября 2014 (UTC)

• Вместо «изозим» лучше писать «изофермент». starless 17:22, 19 октября 2014 (UTC)
  • В русском издании Нельсона/Кокса вполне себе употребляется «изозим». --Eruvanda 19:09, 25 октября 2014 (UTC)
    • И снова мы видим непрофессионализм переводчиков и редакторов. Зная, как осуществляется редактирование научных текстов в русских издательствах, я бы не советовал ориентироваться на них в вопросах терминологии. В русском языке слова «энзим» нет вообще, есть слово «фермент». Это только наука называется «энзимология». starless 19:59, 25 октября 2014 (UTC)
• Структура сукцинатдегидрогеназы тоже вроде доступна, но почему-то приводится схема. starless 17:22, 19 октября 2014 (UTC)
  • Этому место в отдельной статье про этот фермент. Данная статья — обзорная, про ферменты здесь написано ровно то, что необходимо для понимания механизма реакций. --Eruvanda 19:09, 25 октября 2014 (UTC)
    • Ваше заявление снова слишком самоуверенно. Про ферменты приведены исключительно случайные сведения. starless 19:59, 25 октября 2014 (UTC)
• Полтора моль АТФ на пару электронов — это очень мощно. Может, всё-таки полторы молекулы? starless 17:22, 19 октября 2014 (UTC)
  • Also, моли склоняются. Как и метры, и килограммы. Это я на всякий случай. — Maksim Fomich 23:00, 29 октября 2014 (UTC)
    • Когда это обозначение единицы (как м и кг) — не склоняются. starless 07:26, 30 октября 2014 (UTC)
      • Да, это правильно. — Maksim Fomich 08:29, 30 октября 2014 (UTC)
• Фумараза или фумаратгидратаза? Опять же, структура доступна, обсуждения нет. starless 17:22, 19 октября 2014 (UTC)
• Нет ссылки на DL-номенклатуру (а на цис-транс — несколько раз, в том числе в виде викификации приставки). starless 17:22, 19 октября 2014 (UTC)
  • Просто при рассмотрении этого цикла DL-номенклатуру не используют. Нечего изобретать велосипед. --Eruvanda 19:09, 25 октября 2014 (UTC)
    • Вам про Фому, а вы про Ерёму. Вам указать, где именно у вас упоминается DL и где избыточные ссылки на цис-транс? starless 19:59, 25 октября 2014 (UTC)
• Структура малатдегидрогеназы доступна, но почему-то не обсуждается. starless 17:22, 19 октября 2014 (UTC)
  • Этому место в отдельной статье про этот фермент. Данная статья — обзорная, про ферменты здесь написано ровно то, что необходимо для понимания механизма реакций. --Eruvanda 19:09, 25 октября 2014 (UTC)
    • см. выше. starless 19:59, 25 октября 2014 (UTC)
• Раздел «Особенности ферментов» неплохо бы актуализировать — за 6 лет могли появиться новые данные. К тому же он коряво написан и только по одному источнику, пусть это и Ленинджер. starless 17:22, 19 октября 2014 (UTC)
• В таблице в разделе «Энергетика» непонятные цифры 2. starless 17:22, 19 октября 2014 (UTC)
• В том же разделе путаница с размерностями: моли сравниваются с молекулами. starless 17:22, 19 октября 2014 (UTC)
• Добавлю, что вся реальная энергетика рассматривается в виде микротабличек в индивидуальных стадиях, а в самом разделе "Энергетика" обсуждаются продукты реакций. Это как бы просто неправильное название раздела. starless 20:45, 25 октября 2014 (UTC)
• Раздел «Регуляция» надо полностью переписать. Что-либо из него понять просто невозможно. starless 17:22, 19 октября 2014 (UTC)
• «Сердцевина метаболизма» — это мощно. starless 20:45, 25 октября 2014 (UTC)
• «В некоторых метаболических процессах задействованы многие промежуточные соединения цикла, они служат предшественниками во многих анаболических процессах». Казалось бы, очень умная фраза, но абсолютно бессодержательная. starless 20:45, 25 октября 2014 (UTC)
• Катаболические, анаболические и анаплеротические пути надо викифицировать (а лучше дать краткие пояснения в сответствующих разделах), подобные термины без объяснения использовать в статье, ориентированной на неподготовленного читателя, нехорошо. Указано, что катаболических путей много, но обсуждён лишь один; разделы, состоящие из одного предложения, в целом не приветствуются. starless 20:45, 25 октября 2014 (UTC)
• После таблицы в анаплеротических путях снова ужасный стиль («пируват карбоксилируется, образуя дополнительный оксалоацетат»; «энергии, которая берётся из ATP»). «… свободная энергия, необходимая для присоединения карбоксильной группы к пирувату практически равна свободной энергии, которую можно получить из ATP» — это антифизика. Свободная энергия, к вашему сведению, ниоткуда не берётся. starless 20:45, 25 октября 2014 (UTC)
• «Топливо» — это источник энергии. Аллостерический модулятор не может быть источником энергии. starless 20:45, 25 октября 2014 (UTC)
• Почему вдруг при обсуждении биотина возникла необходимость упоминания важности его присутствия в рационе человека? Как это соотносится с предшествующим текстом? starless 20:45, 25 октября 2014 (UTC)
• Не «деградация жиров», а расщепление. starless 20:45, 25 октября 2014 (UTC)
  • отличный термин, который широко используется в биохимии, насчет тождественности деградации и расщепления во всех контекстах я не уверен. --Sirozha.ru 11:20, 30 октября 2014 (UTC)
    • В русском языке используется термин «расщепление». Это дословный перевод английского слова degradation. Если у вас есть источник, позволяющий это опровергнуть, — велкам. starless 12:10, 30 октября 2014 (UTC)
• Заголовок «модификации и родственные пути» неадекватен: модификации — это то, что делает человек. Лучше было бы что-то вроде "Аналогичные пути у других организмов". starless 20:45, 25 октября 2014 (UTC)
• В разделе "Эволюция" постулированы преимущества цикла, однако не указано, какие именно это преимущества. starless 20:45, 25 октября 2014 (UTC)
• История изучения обрывается в 1948 году. Статья, конечно, примерно на уровне тех времён и написана, но хотелось бы, конечно, чего-то более современного. Подробное описание экспериментов с изотопами вызывает вопросы по соответствию ВП:ВЕС и ВП:ЗФ. starless 20:45, 25 октября 2014 (UTC)
  • Этот ваш тезис -- полный абсурд. --Sirozha.ru 11:20, 30 октября 2014 (UTC)
    • Пожалуйста, приводите не оценочные суждения, а комментарии по делу. starless 12:10, 30 октября 2014 (UTC)
• Значимость мнемонических правил и стихов тоже неочевидна. starless 20:45, 25 октября 2014 (UTC)
  • ВП:ЗФ, конечно, не правило, но тоже можно туда глянуть. Коль есть вторичные источники, рассматривающие эти мнемонические правила, то быть им в статье. Пока что в разделе независимых источников нет, только один зависимый. — Maksim Fomich 23:00, 29 октября 2014 (UTC)

Итого: major revision. starless 20:45, 25 октября 2014 (UTC)

Профессионально подкалываете. — Maksim Fomich 23:00, 29 октября 2014 (UTC)

почти --Shell 17:02, 30 октября 2014 (UTC)

Соблазнительное предложение

Предварительные пожелания

• Коллеги, я просмотрел статью и осознал, что мне, в общем-то не влом отрисовать картинки со схемами реакций в едином стиле. Могу, например, сделать, как в статье Спирты. Там оформление основано на шаблонах American Chemical Society. Если не будет противников этой затеи, то предлагаю предварительно, в течение недели, сформулировать задание (хочу чтобы цветным, хочу нумерацию соединений и т. д.). Тогда я сделаю один раз и не буду больше исправлять сделанное. — Maksim Fomich 23:00, 29 октября 2014 (UTC)
  • Было бы очень круто: схемы в «Спиртах» действительно на уровне. Особенно если сохранять их не в PNG, а в SVG (это, в частности, даст возможность малой кровью сделать что-то цветным или обратно чёрным, буде возникнет такая необходимость). Проблема только со схемами катализа ферментативных реакций, которые надо все проверять по максимально свежим статьям. Но их грамотное иллюстрирование — это отдельная большая работа. starless 16:20, 30 октября 2014 (UTC)
    • В SVG, конечно, ChemDraw сохраняет, но по-моему там начинаются глюки: подписи съезжают и всё такое. Я, конечно, попробую, но мои последние опыты, помню, ни к чему не привели. — Maksim Fomich 18:28, 30 октября 2014 (UTC)
      • В EPS он должен корректно сохранять, но не знаю, поддерживается ли EPS на коммонс. starless 19:11, 30 октября 2014 (UTC)
  • Ого!) Осталось только нам определиться и решить: а чего же мы все вместе, собственно, хотим? (почему-то предвкушаю, что это будет не самая лёгкая часть вопроса). Рисунок в разделе «Общий обзор» вроде бы неплох, ненужно, как мне думается, его переделывать. Несколько общих рекомендаций (имхо). Если идёт описание реакций метаболического пути как глобального явления — минимум подробностей, только самое общее (не стоит отрисовывать остатки аминокислот — это обычно есть лишь частный случай для какой-то филогенетически однородной группы ферментов, не стоит рисовать стрелочками переходы электр. пар и образование ковалентных связей — иногда хим. интуиция в таких случаях подводит или это упрощённое объяснение или, возможно, опять же нет абсолютной универсальности). Излишней стереохимической детализации на рисунках тоже следует избегать (потому что, к примеру, известны цитрат-(si)-синтаза и цитрат-(re)-синтаза). Все подробности должны выноситься в описание ферментов и механизмов катализа, где и почудить с цветами уж можно (в идеале — в отдельные статьи по ферментам). Обратимость смотрим в KEGG Pathway. Короч, желаю, чтобы было, примерно, как я рисовал. Вот. --Shell 17:02, 30 октября 2014 (UTC)
    • Рисунок в «Общем обзоре» надо русифицировать. starless 17:58, 30 октября 2014 (UTC)
      • А я вот считаю, что не надо. --Shell 19:36, 30 октября 2014 (UTC)
        • Мало ли что вы считаете. Другие рисунки русифицированы, а обозначения в статье должны быть унифицированы (да-да, текст тоже надо русифицировать). starless 19:42, 30 октября 2014 (UTC)
          • Вот и сами — мало ли что вы себе считаете. Где, какие другие рисунки русифицированы? Я вижу на всех картинках английские сокращения (кроме той, которая с шариками). Полно авторитетной литературы на русском, где все эти сокращения, однако, на английском. Нет, ДНК и ЯМР они не пишут на английском, но эти сокращения почему-то обычно не переводятся. А при русификации же получаются нелепые абсурдные аббревиатуры, составленные из кириллических и латинских букв (НАДH, НАДФH, ФАДH₂ и др.) --Shell 22:26, 30 октября 2014 (UTC)
            • Ну вот такие вот нелепые стандарты русификации. А что делать? Надо по-русски писать. starless 22:56, 30 октября 2014 (UTC)
• Нужно ещё решить какой тип формул для статьи лучше всего подойдёт. Малоподготовленные люди плохо воспринимают скелетные формулы и могут захотеть более привычных со школы способов изображения структур, «„по которым хоть понятно сколько где атомов водорода и что он, этот самый водород, там вообще есть“». --Shell 19:36, 30 октября 2014 (UTC)
  • Не нужно ориентироваться на неких виртуальных «малоподготовленных людей». Людям, которые в формулах не разбираются вообще, плевать. А людям, которым интересно, «сколько где атомов водорода», не составит труда освоить любой способ изображения. starless 19:42, 30 октября 2014 (UTC)
• Читаю раздел «Стадия 1: образование цитрат-иона»: Первой реакцией цикла является необратимая конденсация ацетил-СоА с оксалоацетатом с образованием цитрата, катализируемая ферментом цитратсинтазой (реакция 10 на схеме выше). Блин, вот поэтому я и предложил перерисовывать картинки. Где это видано, что стадия 1 → см. реакцию 10 на общей схеме?? Нельзя так с людьми. Наверное, мне придётся изменить нумерацию на схеме цикла (или это важно?). Кроме того, подразделов по реакциям 8, а самих реакций 10. Так тоже должно быть? — Maksim Fomich 05:59, 26 ноября 2014 (UTC)

Обсуждение новых рисунков

• Лучше поздно, чем никогда, я сделал новые рисунки. Давайте обсудим, что не нравится, и я доработаю. Немного комментариев:
  • Я исправил нумерацию в общем цикле, сделав первой реакцию образования цитрата, ибо так было в тексте статьи.
  • Переименовал несколько подразделов, чтобы их названия совпадали с нумерацией стадий в общем цикле.
  • По тексту я также исправил ссылки на номера реакций (не уверен, что сейчас они вообще нужны).
  • Поскольку не достигнут консенсус о "русификации", я не стал делать лишнюю работу и оставил всё как есть.
  • И всё-таки пока png, потому что ChemDraw реально корябает свои svg почему-то. — Maksim Fomich 19:55, 27 ноября 2014 (UTC)
    • Стало лучше! Пока два чисто эстетических замечания: (1) в общем обзоре номера́ сливаются с обводкой (в частности, 10 в кружочке вообще не читается); (2) в стадии 1 синяя и чёрная линии неаккуратно сливаются на второй стадии. starless 20:03, 27 ноября 2014 (UTC)
      • Сделано — Maksim Fomich 17:49, 28 ноября 2014 (UTC)
  • Я подумал пару дней и решил вернуть обратно 8 стадий и 10 реакций. Не буду глумиться над святым. Если биологи скажут, переделаем. — Maksim Fomich 12:11, 30 ноября 2014 (UTC)

Обсуждение рисунка в преамбуле

• Давайте решим, что делать с рисунком в преамбуле. В таком виде оставлять никак нельзя. — Maksim Fomich 19:57, 27 ноября 2014 (UTC)

1. отодвинуть легенду от основного содержания; возможно, перенести в любой другой угол, лучше в нижний;
2. названия ферментов — без пробелов («цитратсинтаза» вместо «цитрат синтаза»);
3. структурные формулы в виде скелетных. starless 20:11, 27 ноября 2014 (UTC)

Итог

Закрыто по просьбе ОА.--Victoria 14:03, 2 июня 2015 (UTC)